И хотя к лету 1889 года этот поезд был восстановлен, однако при этом в его состав входили очень разнообразные по своей конструкции вагоны. Более того, некоторые из них эксплуатировались с конца сороковых годов 19 века. Всё это в сумме не отвечало не только требованиям железнодорожной техники того времени вообще, но и безопасности движения и степени комфорта, которым должны были отвечать императорские вагоны в частности. Тем не менее, этим Временным императорским поездом Николаевской ж. д. (такое название он получил после восстановления) император Александр III, отличавшийся, как известно, нетребовательностью к условиям в своих путешествиях, продолжал пользоваться вплоть до своей кончины.
Ещё в 1892 году возник вопрос об отдельном лёгком составе, который мог бы служить как для отдельных поездок наследника-цесаревича, так и быть в качестве передового императорского поезда в случае дальних поездок их величеств. В виду предстоящего в ноябре 1894 года бракосочетания Николая II и его супруги Александры Фёдоровны, урождённой принцессы Виктория Алиса Елена Луиза Беатриса Гессен-Дармштадтской, было принято решение отложить на вторую очередь постройку большого императорского поезда (взамен разбитого Николаевской дороги) и немедленно приступить с сооружению этого поезда, который должен был состоять из семи четырёхосных вагонов. Его строительство осуществлялось на Александровском заводе в Петербурге, бывшем в то время Главными мастерскими Николаевской ж. д. Т. к. в дальнейшем его должна была содержать и эксплуатировать Балтийская железная дорога, то соответственно этому он был назван Балтийским императорским поездом.
Вскоре после кончины Александра III выяснилось, что Временный императорский поезд, служивший для поездок Большого Двора, поступит в личное пользование вдовствующей императрицы Марии Федоровны, а император Николай II с императрицей Александрой Фёдоровной будут совершать свои поездки в этом новом Балтийском поезде. Его постройка была закончена к началу февраля 1896 года. При этом в виду изменившихся обстоятельств решением министра путей сообщения этот поезд был передан в эксплуатацию С.-Петербурго-Варшавской ж. д. Соответственно поезд был переименован в императорский поезд Петербурго-Варшавской ж. д.
Как было принято в те времена новый поезд был освящён и на нём Николай II с Александрой Фёдоровной в мае 1896 году отбыл в Москву на своё священное коронование.
Этот начальный опыт эксплуатации выявил недостаточность количества вагонов. В связи с этим было принято решение об увеличении числа вагонов поезда до 10, выстроив для него ещё три новых вагона. Так же обнаружилась потребность несколько изменить внутреннее расположение в некоторых из уже существующих вагонах, что было вызвано требованием вмещать большее число лиц свиты и их прислуги нежели ранее предположенное.
При выпуске с Александровского завода поезд состоял из следующих семи вагонов: «Мастерская», «Служебный» для администрации поезда и дороги следования с помещением для прислуги свиты, «Свитского» для лиц мужской и дамской свиты, «Опочивальни» для размещения их величеств с детским отделением в середине вагона, «Салон-столовая», «Кухня» и «Багажный» с помещениями для дворцовой прислуги. К проектированию новых трёх вагонов было приступлено в сентябре 1896 года. При этом один должен был быть приспособлен для размещения их величеств, второй — специально детский и третий предназначался для дворцовой прислуги. Взамен этого ранее выстроенный вагон «Опочивальня» переименовывался в «Великокняжеский», а в «Служебном» вместо отделений 2 класса для прислуги должны были быть устроены купе для лиц мужской свиты. В новом же вагоне «Опочивальня» для предоставления августейшим путешественникам большего комфорта было решено устроить помещение для ванны, что в то время явилось новинкой не только в русской железнодорожной технике, но и в мировой вообще. Кроме того, для увеличения числа свитских дамских помещений решено было устроить два таких отделения в вагоне «Детском». Эти обстоятельства вызвали необходимость увеличения длины кузовов этих двух вагонов по сравнению с длиной ранее построенных — 19,3 вместо 18 м.
Все работы по строительству этих трёх вагонов за исключением внутренней отделки вагонов «Опочивальня» и «Детский» были произведены в Главных мастерских С.-Петербурго-Варшавской ж. д. В эксплуатацию они поступили 15 августа 1897 года. И в этом же месяце началось продолжительное путешествие императора Николая II по России на этом поезде.
Снаружи все десять вагонов имели одинаковый вид во избежания отличий вагонов, в которых пребывали высочайшие путешественники. Цвет вагонов был тёмносиний с тонкой золотой отводкой по штабикам, закрывающим стыковочные швы филёночного обшивного железа. Крыша была выкрашена в светло-серый цвет для уменьшения нагревания солнцем. Тележки были покрашены в чёрный цвет так же с золотой отводкой по контурным линиям своих частей. Все наружние оконные рамы были сделаны из тикового дерева. В простенках между окнами были установлены позолоченные, чеканной работы изображения государственного герба. Эти орлы, а также позолоченные бронзовые головки входных поручней из полированного тикового дерева составляли единственные наружные украшения всех вагонов. Надписей на вагонах не было, а для их отличия одного от другого в верхней части концевых филёнок продольных стенок были проставлены литера вагона. При этом их выбор был сделан так, чтобы самой литерой указывалось назначение вагона, например: «Сл» - «Служебный», «Д» - «Детский» и т. д.
Из десяти вагонов поезда в четырёх: «Салон-столовая», «Опочивальня», «Детский», «Великокняжеский» размещались лица императорской фамилии. Для лиц их свиты назначался один вагон «Свитский», а так же при необходимости отводилось несколько отделений в вагоне «Служебный». Кухня занимала целый вагон, к нему цеплялся и замыкал поезд с одной стороны вагон II класса для прислуги кухни. С другой стороны состав замыкали багажный вагон и вагон-мастерская, где размещались электрическая станция, запасные части и помещения для технического персонала поезда.
Их императорские величества занимали вагон «Опочивальня». В нём было устроено два кабинета площадью по 10,3 кв. м. Между ним — ванная, а по бокам отделения для камердинера его величества и камер-фрау её величества.
Кабинет его величества был отделан кожей тёмно-оливкового цвета: низ до линии подоконников – в стяжку, верх – тисненой кожей. Потолок был покрыт досками красного полированного дерева. Пол покрыт бархатным однотонным ковром оливкового цвета с узором в клетку. Меблировка состояла из большого дивана со съёмным тюфяком, который отделялся от двери стеклянной ширмой с занавеской, письменного стола, трёх кресел, шкафа и этажерки для бумаг. Освещался кабинет 5 электрическими лампочками. Лампа-ночник у изголовья дивана с помощью реостата затемнялась до желаемой степени. Бронза была золочённой.